Quy trình làm thủ tục hải quan hàng xuất khẩu​ chi tiết 2025

Xuất khẩu hàng hóa ra thị trường quốc tế là một bước quan trọng trong hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Để lô hàng được phép rời hải quan, doanh nghiệp phải tuân thủ quy trình làm thủ tục hải quan hàng xuất khẩu, từ kiểm tra chính sách quản lý mặt hàng đến khai báo và thông quan tại cơ quan hải quan. Bài viết này, Manda Express sẽ hướng dẫn chi tiết từng bước trong quy trình làm thủ tục hải quan, giúp doanh nghiệp hiểu rõ và thực hiện đúng quy định pháp luật.

Thủ tục hải quan là gì?

Thủ tục hải quan là tập hợp các công việc và quy định mà người khai hải quan và cán bộ hải quan phải thực hiện để kiểm soát hàng hóa và phương tiện xuất nhập khẩu. Nói một cách đơn giản, đây là quy trình hành chính nhằm đảm bảo hàng hóa xuất khẩu tuân thủ pháp luật hiện hành.

Thủ tục hải quan bao gồm việc chuẩn bị hồ sơ, khai báo hải quan, phân luồng kiểm tra và nộp thuế (nếu có).

Tóm lại, thông quan (đủ thủ tục hải quan) là khi mọi loại thuế, phí liên quan đã được tính toán và thanh toán đầy đủ, và lô hàng đã sẵn sàng được chuyển đi.

Tại sao cần làm thủ tục hải quan xuất khẩu?

Thủ tục hải quan là điều kiện bắt buộc và có vai trò quan trọng trong hoạt động xuất khẩu. Cụ thể, khi thực hiện đầy đủ thủ tục, các mục tiêu chính sau sẽ được đáp ứng:

  • Kiểm soát hàng cấm và nguy hiểm: Ngăn chặn các mặt hàng cấm, vũ khí, chất độc hại hoặc vật phẩm vi phạm pháp luật xuất khẩu ra nước ngoài. Điều này giúp bảo vệ an ninh quốc gia và ngăn chặn hoạt động buôn lậu.
  • Thu đúng thuế, phí và nguồn thu: Thủ tục hải quan giúp xác định đúng mức thuế xuất khẩu và các loại thuế liên quan (nếu có), từ đó góp phần bảo đảm nguồn thu cho ngân sách nhà nước.
  • Tạo thuận lợi và minh bạch trong thương mại: Bằng quy định rõ ràng các bước phải thực hiện, thủ tục hải quan giúp doanh nghiệp lập kế hoạch xuất khẩu thuận tiện hơn, đồng thời minh bạch trong quy trình thanh toán và kiểm tra.
  • Kiểm soát môi trường và thống kê: Hải quan kiểm soát các mặt hàng có khả năng gây hại đến môi trường (nếu có quy định) và đồng thời cung cấp số liệu chính xác về thương mại quốc tế cho cơ quan quản lý.

Các lý do trên cho thấy rõ ràng rằng, để đảm bảo lô hàng được thông quan suôn sẻ và tuân thủ đúng quy định, doanh nghiệp bắt buộc phải làm đầy đủ thủ tục hải quan xuất khẩu.

Vận chuyển hàng hóa bằng đường biển
Khai báo hải quan là bước quan trọng để hàng hoá được thông quan

Chuẩn bị gì trước khi làm thủ tục xuất khẩu hàng hóa

Trước khi chính thức làm thủ tục hải quan, doanh nghiệp cần chuẩn bị kỹ lưỡng một số điều kiện và thông tin:

Xác định loại hàng hóa và quy định quản lý

Đầu tiên, phải tra cứu chính sách của Nhà nước đối với mặt hàng xuất khẩu đó. Có những nhóm hàng được khuyến khích xuất khẩu, nhưng cũng có mặt hàng bị hạn chế hoặc cấm (như một số khoáng sản, lâm sản, hóa chất nguy hại,…).

Ngoài ra, cần kiểm tra xem mặt hàng có thuộc danh mục phải có giấy phép hoặc hạn ngạch xuất khẩu hay không. Nếu mặt hàng nằm trong diện quản lý chuyên ngành, doanh nghiệp bắt buộc phải có đầy đủ chứng từ liên quan (giấy phép, kiểm định chuyên ngành, v.v.) trước khi tiến hành thông quan.

Nắm rõ thuế suất và quy định hải quan

Cần xem mặt hàng đó có chịu thuế xuất khẩu hay không (theo hướng khuyến khích xuất khẩu của nhà nước, nhiều hàng hóa xuất khẩu sẽ được miễn thuế).

Đồng thời, doanh nghiệp phải biết mã số HS của hàng hóa để kê khai đúng, tránh sai lệch về thuế và quy định kiểm tra chuyên ngành.

Soạn thảo hợp đồng ngoại thương

Trước khi vận chuyển hàng đến cảng/kho và làm thủ tục, doanh nghiệp cần ký hợp đồng mua bán (Sale Contract) hoặc đặt hàng với đối tác nước ngoài. Hợp đồng này quy định rõ về sản phẩm, số lượng, điều kiện giao nhận và thanh toán – là cơ sở pháp lý quan trọng nhất cho toàn bộ quy trình xuất khẩu tiếp theo.

Việc chuẩn bị hợp đồng ngay từ đầu cũng giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý và tài chính cho cả hai bên khi tiến hành thông quan.

Cần chuẩn bị kỹ trước khai khai báo hải quan
Cần nghiên cứu và chuẩn bị kỹ trước khai khai báo hải quan

Quy trình làm thủ tục hải quan hàng xuất khẩu

Bước 1: Xác định loại hàng hóa xuất khẩu

Ở bước này, doanh nghiệp phải kiểm tra xem hàng hóa xuất khẩu thuộc nhóm nào và chịu quy định ra sao. Mỗi loại mặt hàng có thể yêu cầu thủ tục khác nhau: ví dụ, hàng nông sản, thực phẩm, dược phẩm thường phải kiểm tra chất lượng và có chứng nhận y tế/khoa học kỹ thuật do cơ quan chuyên ngành cấp.

Hàng công nghiệp, máy móc có thể không cần kiểm tra chuyên ngành nhưng vẫn phải khai đúng mã HS và tên hàng (mô tả hàng hóa) để không bị phân luồng kiểm tra sai. Nếu hàng hóa nằm trong danh mục cấm hoặc hạn chế, doanh nghiệp sẽ không thể làm thủ tục thông quan nếu không có giấy phép hoặc không đáp ứng quy định.

Do đó, cần tra cứu mã HS và kiểm tra danh mục hàng cấm/hạn chế trên hệ thống của Tổng cục Hải quan hoặc các văn bản hướng dẫn liên quan.

Bước 2: Ký kết hợp đồng ngoại thương

Sau khi xác định được sản phẩm và điều kiện xuất khẩu, doanh nghiệp tiến hành đàm phán và ký kết hợp đồng ngoại thương với khách hàng hoặc nhà nhập khẩu. Hợp đồng ngoại thương (Sale Contract) quy định rõ về mặt hàng, số lượng, giá cả, phương thức giao nhận (theo incoterms như FOB, CIF, EXW, v.v.) và điều khoản thanh toán.

Một hợp đồng chi tiết và chuẩn xác sẽ làm cơ sở cho các bước tiếp theo: chuẩn bị chứng từ, thực hiện lệnh giao hàng và làm thủ tục hải quan.

Theo kinh nghiệm trong lĩnh vực xuất khẩu, việc soạn thảo kỹ các điều khoản về giao nhận và trách nhiệm của các bên sẽ giúp giảm thiểu rủi ro khi phát sinh tranh chấp hoặc thay đổi đơn hàng.

Hợp đồng ngoại thương còn là cơ sở để lập hóa đơn thương mại và các chứng từ thanh toán, nên cần hoàn thiện trước khi làm hồ sơ xuất khẩu.

Bước 3: Chuẩn bị bộ chứng từ hàng xuất khẩu

Để làm thủ tục hải quan xuất khẩu, doanh nghiệp cần chuẩn bị một bộ chứng từ đầy đủ và chính xác. Các chứng từ cơ bản thường bao gồm:

  • Hợp đồng mua bán/đơn hàng (Sale Contract) giữa người xuất khẩu và đối tác.
  • Hóa đơn thương mại xuất khẩu (Commercial Invoice): liệt kê chi tiết giá trị từng loại mặt hàng.
  • Vận đơn (Bill of Lading): do hãng tàu hoặc hãng vận chuyển cung cấp, dùng làm bằng chứng đã gửi hàng.
  • Phiếu đóng gói (Packing List): ghi rõ kích thước, số lượng kiện hàng và thành phần bên trong.
  • Giấy chứng nhận xuất xứ (Certificate of Origin, C/O) nếu khách yêu cầu hoặc đối tượng hàng cần C/O để hưởng ưu đãi thuế.
  • Giấy phép xuất khẩu (nếu hàng hóa thuộc diện phải có giấy phép, ví dụ như một số khoáng sản, lâm sản,…).
  • Các giấy tờ chuyên ngành: như giấy chứng nhận kiểm dịch (đối với nông sản), giấy kiểm nghiệm hóa chất, dược phẩm, v.v., nếu pháp luật quy định.
  • Chứng từ thanh toán hoặc bảo lãnh ngân hàng (theo điều khoản hợp đồng, nếu có yêu cầu).
  • Giấy tờ vận chuyển và bảo hiểm (vận đơn, hợp đồng vận tải, hợp đồng bảo hiểm) nếu cần thiết.

Những tài liệu này phải được kiểm tra kỹ về tính chính xác và đầy đủ trước khi nộp cho cơ quan hải quan. Chuẩn bị tốt bộ chứng từ giúp doanh nghiệp tránh được việc hải quan yêu cầu bổ sung, thay đổi sau khi đã khai báo.

Bước 4: Khai và truyền tờ khai hải quan

Sau khi hàng hóa đã sẵn sàng tại cảng hoặc kho, doanh nghiệp (hoặc đại lý hải quan) sẽ lập tờ khai hải quan xuất khẩu trên hệ thống điện tử của Tổng cục Hải quan (VNACCS/VCIS).

Trong tờ khai, người khai phải kê khai chính xác thông tin về người xuất khẩu, người nhập khẩu, mô tả hàng hóa, mã HS, số lượng, đơn giá, tổng giá trị lô hàng và các loại thuế phải nộp (nếu có).

Sau khi nhập xong thông tin, tờ khai sẽ được truyền qua cổng hải quan để nhận số tờ khai và phân luồng kiểm tra. Khai báo điện tử giúp rút ngắn thời gian làm thủ tục, đồng thời tạo cơ sở dữ liệu minh bạch cho việc quản lý nhập xuất khẩu.

Bước 5: Chuẩn bị bộ hồ sơ hải quan

Sau khi tờ khai điện tử được chấp nhận, hàng hóa sẽ được phân luồng kiểm tra tự động theo hệ thống: luồng xanh, luồng vàng hoặc luồng đỏ. Dựa vào kết quả phân luồng này, doanh nghiệp cần chuẩn bị các tài liệu để trình hải quan:

Tờ khai luồng xanh

Hàng hóa được thông quan ngay mà không cần kiểm tra thực tế. Đối với luồng xanh, doanh nghiệp chỉ cần đảm bảo bộ hồ sơ điện tử đã khai và các chứng từ nêu trên hợp lệ, không cần nộp bản giấy (trừ trường hợp hải quan yêu cầu).

Tờ khai luồng vàng

Hải quan chỉ kiểm tra hồ sơ giấy. Doanh nghiệp phải nộp bản in của bộ chứng từ (hợp đồng, invoice, C/O, phiếu đóng gói, giấy phép, v.v.) cho cơ quan hải quan để kiểm tra tính hợp lệ. Nếu hồ sơ đầy đủ và chính xác, hải quan sẽ cho thông quan mà không cần kiểm tra hàng thực tế.

Tờ khai luồng đỏ

Hàng hóa phải trải qua cả kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế (cân, đo, thử nghiệm). Trong trường hợp này, ngoài việc nộp bộ hồ sơ giấy, doanh nghiệp còn phải đưa hàng vào khu vực kiểm tra của hải quan để cơ quan chức năng giám định.

Sau khi kiểm tra xong (bao gồm đối chiếu mã hàng, đối chiếu khối lượng, chứng từ, v.v.) và đóng thuế đầy đủ, hải quan sẽ cấp phép thông quan cho lô hàng.

Các quy định về phân luồng nêu trên được áp dụng tự động qua hệ thống điện tử, giúp giảm thiểu thủ tục và thời gian cho các lô hàng không có sai phạm. Doanh nghiệp cần lưu ý kiểm tra kỹ kết quả phân luồng ngay sau khi khai báo để biết cần chuẩn bị gì.

Bước 6: Thông quan và thanh lý tờ khai

Khi đã hoàn tất việc kiểm tra (nếu có) và nộp đủ các khoản thuế, phí (nếu yêu cầu), cơ quan hải quan sẽ thông quan lô hàng. Cụ thể, hải quan sẽ cấp chứng từ thông quan (thanh lý tờ khai) để doanh nghiệp xuất hàng ra cảng hoặc kho ngoại quan, thực hiện giao hàng cho bên nhập khẩu.

Sau khi hàng hóa rời cảng, doanh nghiệp cần lưu trữ toàn bộ hồ sơ liên quan (tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán thuế, giấy phép, v.v.) trong thời gian tối thiểu 05 năm để phục vụ cho kiểm tra sau này.

Thông quan thành công đánh dấu kết thúc chuỗi quy trình làm thủ tục hải quan xuất khẩu của lô hàng.

Những lưu ý về các lỗi thường gặp khi làm thủ tục hải quan xuất khẩu

Trong quá trình làm thủ tục xuất khẩu, doanh nghiệp thường gặp một số lỗi phổ biến có thể dẫn đến chậm trễ hoặc phạt vi phạm:

Khai báo thông tin sai hoặc thiếu

Đây là lỗi rất thường gặp. Ví dụ, sai lệch mã HS, mô tả hàng hóa, số lượng, trọng lượng hoặc giá trị so với bộ chứng từ gốc.

Khai sai mã HS có thể dẫn đến tính sai thuế suất hoặc yêu cầu kiểm tra chuyên ngành bổ sung. Một khi đã khai tờ khai và đóng thuế, sửa đổi sai sót sẽ rất phức tạp; một số lỗi thậm chí không thể chỉnh sửa mà phải hủy tờ khai để làm lại.

Do đó, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ mọi thông tin trước khi nộp tờ khai hải quan.

Hồ sơ, chứng từ không đầy đủ

Nếu thiếu một trong các chứng từ bắt buộc (hợp đồng, hóa đơn thương mại, vận đơn, phiếu đóng gói, giấy chứng nhận xuất xứ, giấy phép xuất khẩu hoặc chứng từ chuyên ngành), lô hàng sẽ không được thông quan.

Thiếu sót này khiến doanh nghiệp phải bổ sung sau, kéo dài thời gian làm thủ tục và có thể phát sinh chi phí lưu kho. Vì vậy, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ theo quy định ngay từ đầu.

Không nắm rõ quy định về hàng đặc thù

Nhiều mặt hàng (thực phẩm, thuốc, mỹ phẩm, hóa chất, nông sản, động vật, khoáng sản,…) yêu cầu kiểm tra chất lượng hoặc chứng nhận chuyên ngành.

Nếu doanh nghiệp không biết và không chuẩn bị hồ sơ chứng nhận này, hàng có thể bị giữ lại để chờ kiểm tra hoặc bị từ chối thông quan. Việc nắm chắc quy định đối với từng mặt hàng xuất khẩu sẽ giúp tránh sai sót lớn.

Bên cạnh các lỗi phổ biến đã nêu, doanh nghiệp cũng cần đặc biệt lưu ý một số tình huống phát sinh trong thực tế khiến quá trình thông quan bị đình trệ, gây thiệt hại không nhỏ về thời gian và chi phí.

Lỗi không cập nhật kịp thời quy định mới

Luật hải quan và các chính sách liên quan đến thuế, mã HS, hạn ngạch, C/O… thường xuyên thay đổi. Nhiều doanh nghiệp không theo sát văn bản mới dẫn đến việc áp sai thuế suất, sử dụng mẫu chứng từ lỗi thời hoặc không phù hợp, gây ra rủi ro bị phạt hoặc tái khai.

Sai sót trong mô tả hàng hóa

Việc mô tả thiếu chi tiết, không thống nhất giữa invoice, packing list và tờ khai có thể khiến cơ quan hải quan nghi ngờ và yêu cầu kiểm tra thực tế, nhất là với các nhóm hàng dễ gian lận thương mại. Doanh nghiệp cần đảm bảo mọi mô tả đều chính xác, rõ ràng và khớp với hàng hóa thực tế.

Không nắm rõ quy trình kiểm tra chuyên ngành

Nhiều mặt hàng xuất khẩu phải qua kiểm tra chuyên ngành như kiểm dịch thực vật, an toàn thực phẩm, kiểm định kỹ thuật… Việc không chủ động nộp hồ sơ kiểm tra đúng thời hạn hoặc thiếu chứng từ có thể khiến lô hàng bị lưu kho, phát sinh chi phí lưu bãi.

Hệ thống VNACCS gặp lỗi nhưng không xử lý kịp

Trong một số thời điểm, hệ thống khai hải quan điện tử VNACCS có thể gặp trục trặc kỹ thuật. Nếu không có phương án khai dự phòng hoặc không nắm rõ cách xử lý, doanh nghiệp có thể lỡ deadline xuất hàng theo hợp đồng, làm giảm uy tín với đối tác.

Luôn tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật và kiểm tra kỹ lưỡng mọi thông tin, giấy tờ liên quan trước khi nộp cho cơ quan hải quan là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp xuất khẩu hoàn tất thủ tục một cách nhanh chóng, chính xác và hiệu quả.

Ngoài ra, việc tuân thủ quy định cũng giúp doanh nghiệp xây dựng hồ sơ tín nhiệm với cơ quan hải quan – yếu tố quan trọng để được phân luồng xanh trong những lần khai báo sau, từ đó rút ngắn thời gian thông quan và giảm chi phí logistics.

Lời kết

Quy trình làm thủ tục hải quan xuất khẩu gồm các bước từ chuẩn bị chứng từ, khai báo điện tử đến phân luồng và thông quan. Nắm rõ quy trình giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, hạn chế sai sót và tuân thủ pháp luật. Hiểu đúng và làm đúng từ bước đầu sẽ tạo lợi thế cạnh tranh ngay từ khâu xuất khẩu.

Contact Me on Zalo
0393 522 579